Bella domanda !!!
Già a suo tempo gambas aveva problemi nella creazione dei pacchetti di installazione; comunque, ad oggi, non vi è modo di definire le modalità di creazione dei pacchetti.
Leggendo il codice sorgente ho potuto constatare che vengono prese impostazioni di default, che non è possibile cambiare, a meno di non mettere mano ai sorgenti di gambas.
Comunque, dipedentemente dalla distribuzione usata, la procedura utilizza i programmi di pacchettizzazione esistenti e, se possibile, credo che configurando opportunamente questi programmi da sistema operativo, si possa condizionare la creazione.
Io lavoro con Fedora, che usa il formato RPM, ma sono stato costretto a costruirmi uno script ad-hoc, perchè con Gambas avevo grossi problemi, tra i vari anche quello che non mi includeva nel pacchetto le sottodirectory con le immagini del programma.