Infatti, sono due proprità con risposte diverse, altrimenti non avrebbe senso farne due.
Le due proprietà ti permettono di conoscere da codice:
1) dovè che sei ora nel filesystem
2) l'indirizzo di dove si trova installato il tuo eseguibile
Dato che quasi sicuramente l'eseguibile non viene a trovarsi nella tua home directory, ma nelle dir di sistema (magari dopo opportuna installazione), le informazioni che potresti eventualmente usare per gestire il tuo programma sono fondamentalmente:
1) dove si trova gambas, e le sue librerie
2) dove è installato l'eseguibile
3) dove sono attualmente
4) le cartelle usate dal programma (es. temporanee, configurazione, ecc.)
Le prime tre vengono restitutite dai metodi di Application, in quanto è sempre presente (è statica), anche se avvii una singola Form, per qualsiasi applicazione. L'ultima è ovviamente di tua gestione, in quanto è soggetta a scelte personali. Di solito di usa la home dell'utente, su cui creare apposite cartelle dedicate all'applicativo, eventualmente anche nascoste (punto iniziale...).
Per testare veramente le proprietà di Application, prova a fare dei spostamenti dell'applicativo, mettendolo in varie parti del sistema, e nota le risposte.
Il discorso sui link è ininfluente sull'esito di questi valori, al massimo ritornano solo quello che riguarda la path da cui parte il programma.