Immagino che l'area gialla sia una DrawingArea, per cui il ridimensionamento non includerebbe il disegno incluso.
Per il rimensionamento degli oggetti, come il pannello alla sinistra, e la drawingarea alla destra, viene gestito automaticamente dalla HBox.
Per quello che riguarda il contenuto nella drawingarea è tutto un'altro paio di maniche, dato che non ci sono oggetti reali da manipolare.
Credo ti tocchi implementare un'algoritmo di ridimensionamento, sulla base delle dimensioni della drawingarea, al momento del suo ridimensionamento (vedi DrawingArea1_Resize).
Un'altra idea sarebbe l'inserimento della drawingarea all'interno di una ScrollArea, che lascerebbe intatto il contenuto grafico, ma attraverso le barre di scorrimento potresti muoverti nel grafico.