Ho letto più volte quello che hai scritto ma non mi riesce di capire cosa è che non va.
La guida recita:
Application.Version (gb)
Static Property Read Version As String
Returns the program version, as defined in the IDE project properties dialog.
Quindi è normale che l'ide si basi su quella.
Che senso avrebbe avere un file VERSION con scritta una versione differente da quella in Proprietà?
Comunque a me funziona così:
Se ho per esempio in proprietà 1.1.1
e in VERSION 2.2.2
Sulla finestra dell'ide appare 1.1.1 e in cosole (Print Application.Version) 2.2.2, cosa che mi sembra normale (si la spunta scompare anche a me) e se non spunto ottengo 1.1.1 in entrambi i casi