Quello che dici, mi dispiace, non è del tutto vero.
Dipendentemente dalle distro, alcuni lasciano i binari nelle cartelle di installazione, linkando gli eseguibili necessari nella cartella /bin o /usr/bin (/sbin o /usr/sbin per i programmi root). Altri metto tutto nello stesso calderone, ovvero /bin (o /usr/bin e via dicendo).
Attualmente ci sono diversi formati di pacchettizzazione (vedi RPM e DEB), con cui vengono gestiti gli aggiornamenti e le installazioni, ma ognuno di questi formati ha una serie di configurazioni comuni, perchè mediamente si basano su uno standard, quello Linux, che ha una struttura ben definita.
Per farti un esempio, a suo tempo costruivo i package di Gambas, e avevo la possibilità di definire dove, come e perchè mettere un determinato file. Se dai un'occhiata ai sorgenti della gestione "creazione pacchetto" di Gambas2, vedrai che la procedura usa appositi programmi esterni, dipendentemente dalla distro in cui si trova, e crea un file di configurazione in cui viene definita la struttura di come verranno installati i file del programma. Tra questi anche la possibilità di decidere di metterli perfino sotto la cartella /tmp (una scelta idiota, ma è possibile farla...).
Ora, va anche bene che Gambas, nella costruzione dei pacchetti, utilizzi una determinata strategia, ma questa non è una regola ferrea. Se, per caso, hai la necessità di modificare l'impostazione classica standard, il tutto te lo gestisci te stesso dall'esterno, condizionando le varie fasi di installazione come ti aggrada.
