Quando tu avvii Gambas, ti viene aperta una finestra dove scegliere di aprire un progetto già esistente, oppure di aprirne uno nuovo. Se, in quel frangente scegli di aprirne uno nuovo, la successiva finestra presenta un albero che parte dalla directory "/" e sotto ad essa riporta tutte le directory dipendenti. Se tu scendi fino a trovare quella di tuo interesse, swelezionandola, predisponi in effetti la cartella dove Gambas andrà a salvare il progetto, di volta in volta e, comunque, alla fine del tuo lavoro e prima che tu esca dal suo ide.
In ogni caso puoi sempre trasferire, la cartella relativa al progetto, in qualsiasi momento, dentro quella che ti aggrada; naturalmente dovrai, al riavvio di Gambas, andarla a riprendere a manina.