Dirla così su due piedi è abbastanza complicato.
Direi che per prima cosa di leggere la documentazione sul sito MySQL.
Ad ogni modo, si basa quasi tutto sul file my.cnf che si trova nella directory /etc.
Ci sono, però, due fattori da considerare:
1) l'applicazione risiede solo su un pc, e gli utenti vi accedono tramite front-end web:
2) l'applicazione è distribuita sui client, e quindi bisogna rendere il database accessibile all'esterno.
Punto primo!
Nel primo caso, la gestione viene fatta esclusivamente sull'accesso all'applicazione sul server, e il database è collegato ad essa tramite collegamento locale, oppure, tramite collegamento protetto verso il server (o pc) su cui risiede il database.
Nel secondo caso, tenendo ben presente che questo dà una possibilità di attacco, è necessario rendere disponibile all'esterno la porta di accesso al database. Tramite la configurazione di MySQL è possibile fare questa operazione ma, oltre a questo, bisogna anche occuparsi del firewall del sistema che, anche questo, deve essere configurato per l'accesso alla porta MySQL (che di solito è la 3306).
Punto secondo!
Nel primo caso, gli accessi possono essere controllati, sia a livello di applicazione, sia a livello di accesso alla macchina.
Nel secondo caso, gli accessi devono essere configurati, sia a livello di macchina, sia a livello di database, ma, anche a livello applicazione, anche se quest'ultimo è di bassa importanza.
Terzo e ultimo punto!
In ogni caso è necessario leggere attentamente la documentazione del firewall e di MySQL, perchè per tutte le modalità è necessario mettere le mani su tutte e due le logiche.
Una volta letta la doc, potrai porre domande più specifiche, a cui potremo dare risposte mirate. La domanda che hai posto è troppo generica per affrontarla in un forum.
