Infatti, non tutte le distro lo fanno e, a mio avviso pure giustamente.
Se si parla di una distro per desktop, tipo utente finale, questa procedura potrebbe anche considerasi corretta, ma per un'installazione server ha poca utilità, anzi, a volte intralcia nel lavoro di un sistemista.
Ad ogni modo, la mia domanda era: il link che crei, lo crei sempre nella path /var/run, oppure in un'altra directory?
Forse se la creassi in un'altra path, su cui il sistema operativo non interviene automaticamente, forse il link rimarrebbe; ogni volta che riavvii, la creazione del nuovo file mysql verrebbe riagganciato automaticamente. Questo discorso, ovviamente, và bene per un soft link (ln -s, tanto per interderci), mentre per un hard link il discorso è ben diverso, perchè anche se cancelli l'originale, il file soprovviverebbe attraverso il link stesso.