Come accennato da Leo, la copia dipende dai permessi, indipendentemente da qualsiasi linguaggio e/o comando da shell.
Ovvio che se tenti di scrivere nella root "/", questo non puoi farlo come utente normale, e poi di norma "nun se fà"...
Per le operazioni di copia devi tenere conto dei permessi, non solo dall'applicazione, anche da chi la usa.
Un esempio è quello delle applicazioni web, che girano di norma con l'utente "apache", per cui bisgna tener conto che le operazioni sul file system, indipedentemente dall'applicazione che si stàò usando, l'utente che opera sul sistema è sempre il proprietario del servizio, ovvero apache.