Come anche per gambas2, alcune cartelle, come alcuni file, non vengono caricati in svn, perchè soggetti a cancellazioni e modifiche da parte dell'ide, indipendentemente dalle variazioni fatte al codice da parte nostra.
Io penso che anche in gambas3 sia così, con l'aggiunta di ulteriori cartelle e file.
Se hai importato il progetto con i comandi diretti di svn, questo ti ha creato anche il problema.
A suo tempo anche io avevo fatto così, fino a che non ho trovato l'inguacchio. Quindi, ho rifatto l'importazione, evitando di capiare anche le path e file incriminati, e tutto poi è ito a posto.
Questo problema, a lungo andare, ti crea corruzioni nel repository, che è impossibile correggere, se non ricostruendolo nuovamente (ma perdendo tutte le modifiche...)