Un'idea...
Visto che non è possibile avere due molecole con lo stesso nome, la chiave potrebbe anche essere lo stesso nome della molecola. Questo ti eviterebbe un dato inutile (l'ID della molecola) e, oltretutto ti controllerebbe eventuali inserimenti di nomi duplicati automaticamente, eliminando alcuni controlli che sarebbero obbligati da codice.
La matrice è piuttosto semplice, basta creare le necessarie tabelle di identificazione degli elementi di calcolo: molecole, caratteristiche, quindi aggregare gli elementi base in un'altra tabella, rispettando il foglio che hai allegato.
Quest'ultima tabella conterrà anche le proprietà di ogni singola associazione (es. solubilità, ecc.).
Come poi suggerito anche da agli altri amici, ti basterà creare un piccolo programma, che può contenere tre finestre: una di popolamento delle tabelle di base, un'altra per le aggregazioni e le impostazioni delle proprietà, l'ultima per le tue ricerche e analisi.