Non fare confusione
.configure non è uguale a ./configure
Il primo è un file nascosto, il secondo è un percorso relativo che dice al sistema di recuperare il comando configure nella cartella corrente.
Ogni cartella Linux ha 2 metacartelle, se così si possono chiamare: ./ e ../
./ indica la cartella corrente, mentre ../ indica la cartella precedente
Quindi immagina una struttura così:
/cartella1
--mario
--beppe
--gino (+)
--/cartella2
----gino (*)
----.gino
Se tu sei in /cartella2 dando ./gino lanci gino (*) mentre se dai ../gino lanci gino (+) perché dici di tornare indietro di un livello e cercare gino in /cartella1.
Se invece sempre da /cartella2 tu dai .gino oppure ./.gino allora lanci .gino, ossia il file nascosto di nome .gino.