Finchè non modifichi e salvi il file, l'editor non può sballarti la tabella...
Riguardo alla formattazione, lo standard usato da DB3 aveva un formato ben definito, ma aveva anche delle particolarità, legate alla concenzione di quel tempo. Come ti avevo accennato, alcuni tipi di dato erano codificati in modo particolare, diverso da quanto è in uso oggi, in particolare appunto le date e i numeri in virgola mobile. Anche per le stringhe non mi pare venivano usati i formati ISO internazionali (UTF e varie...), per cui la trasformazione dei caratteri necessiterebbe di una certa attenzione.
Riguardo all'aggiornamento parallelo, intendevo quello di esportare il db originale, periodicamente, su un db di backup (es. MySQL), e non viceversa. Per fare anche la cosa inversa ti servirebbe una libreria ad-hoc, che non esiste (almeno per quanto ne sò). Io, sempre come accennato, avevo fatto una libreria in C, ma che poteva solo leggere i file DB3, non scriverli. Magari lavorandoci sopra si potrebbe anche la funzione di scrittura, ma la cosa non è sicuramente immediata. Oltre a questo, c'è anche da mettere in conto il discorso di eventuali indici, che non ho avuto modo di analizzare a suo tempo, ma che sicuramente comportano un'ulteriore complicazione, anzi, diciamo che sarebbero una pesante complicazione, visto che dovresti comunque aggiornarli.
Secondo me, e di solito è questo il metodo in questi casi di porting di vecchie applicazioni, è quello di creare il nuovo archivio, compresa l'applicazione di gestione, e mantenere attiva la vecchia, fino a che tutto non sarà pronto per il definitivo cambio.