Cosa intendi con il voler pulire la coda eventi?
Gli eventi vengono comunque emessi ed intercettati dal gestore standard, a meno che siano stati creati metodi personalizzati.
Pulire in runtime la coda a livello globale, mentre il tutto è in esecuzione, creerebbe grossi problemi, tenendo presente che già la classe Application che, anche se non direttamente usata, è sempre attiva e presente, e ha i suoi di eventi.
Ad ogni modo, per rispondere alla tua domanda, NO, non mi risulta ci sia modo di pulire il processo.