Premetto che io ho Gambas-3.
Ho riprodotto il tuo codice allegato ed i suoi effetti. Ebbene a me il Form non appare. Segnalo, però, che dopo aver chiuso la finestra del messaggio, poiché è stata imposta la chiusura del programma mediante il comando Me.Close, mi dà ovviamente l'errore Invalid object alla linea Me.Center. Cosicché ho dovuto inserire un Else.
Ad ogni modo, per tentare di rispondere alla tua richiesta, potresti provare a porre un Me.Hide immediatamente prima della linea relativa al comando Message.Warning(etc..etc..). Il Form in tal caso viene insomma tenuto nascosto.