Devi usare il comando WAIT, che ordina all'interprete di congelare l'esecuzione dell'applicazione per attendere eventuali eventi (scusa il gioco di parole....) generati dall'utente.
Se usi il comando WAIT senza parametri, verranno ignorati click del mouse e tasti premuti. Se usi ad esempio un ritardo (in secondi), allora puoi anche intercettare eventi di input. Ad esempio, WAIT 0.1 attende 0,1 secondi.