Nel tuo esempio, utilizzi un modulo per chiamare la form principale (lo diventa di fatto dato che è la prima che viene aperta).
Spero tu sappia che gambas avvia la classe Application di sottobanco se questa non ne viene dichiarata una propria, derivata da quella fornita da gambas.
Per poter effettuare modifiche sull'applicazione, che siano relative allo startup della stessa (ovvero tutti i processi e le impostazioni che l'applicazione carica una volta sola alla sua partenza), queste devono essere fatte prima che parta effettivamente, e che lanci form o processi applicativi vari.
In pratica, usando sempre un modulo, devi anche crearti una xyzApplication, inherit Application, e utilizzi i metodi forniti dalla classe (eventualmente ne crei di nuovi per ottimizzare il codice), per condizionarne l'avvio, lo shutdown e, eventualmente la gestione delle form e degli eventi (cosa che ho pesantemente esplosa nel mio progetto pgDesigner3).
Nel tua classe derivata, puoi anche andarti a leggere un file di configurazione, in modo che l'avvio possa diventare dinamico e manutenibile dall'utente, o da condizioni particolari a tua scelta.
Ricordo che la classe Application, anche se statica, può essere subclassata da classi specializzate. Ovviamente poi, qualsiasi riferimento implementato deve essere fatto alla tua classe, e non su quella gambas. La tua classe specializzata si porta ovviamente dietro tutti i metodi e le proprietà della classe Application di gambas, che deve essere sempre e comunque referenziata.