In teoria un pacchetto compilato per Debian dovrebbe installarsi su Ubuntu e viceversa.
Ovviamente, la pratica è tutt'altra cosa, ed i due progetti, pur essendo uno (Ubuntu) derivato dall'altro (Debian), hanno spesso problemi di incompatibilità. In genere, i pacchetti creati per Debian spesso si installano anche su Ubuntu, ma il contrario non è sempre vero. Questa è anche la prima "accusa" che lanciano spesso gli sviluppatori Debian a quelli di Ubuntu: di distaccarsi un po' dalla struttura Debian, o per meglio dire dalla struttura "ortodossa" dell'albero delle directory (se guardi bene, ci sono delle diversità fra dove spesso Ubuntu "mette" alcune cose e dove dovrebbero andare secondo gli standard ufficiali).
Infine, Ubuntu è basato sulla versione di sviluppo di Ubuntu. Gli sviluppatori attingono al ramo instabile di Debian: periodicamente, "congelano" lo stato di quel ramo e, dopo le opportune modifiche, rilasciano la successiva versione di Ubuntu, in media ogni 6 mesi. Quindi, non esiste un'equivalenza fra versioni di Ubuntu e versioni di Debian.