In Gambas esiste anche un'altra libreria, con l'obiettivo di creare applicazioni MDI, e che quindi ti permette di gestire una main e le finestre figlie, in modo del tutto automatico.
La libreria in question è: gb.form.mdi.
Questa contiene un paio di classi: Toolbar e Workspace
Io non l'ho utilizzata, ma ne ho studiato le caratteristiche, e potrebbe fare al caso tuo. Ti eliminerebbe molti dei problemi che stai riscontrando, e che necessitano di maggiori controlli tramite codice. Se vuoi evitarli, puoi provare questa libreria.