Naturalmente, con la "soluzione" prospettata iY rimane fisso sempre e se sposti la finestra questa ritornerà all'altezza impostata in apertura.
Una soluzione accettabile potrebbe essere questa che si discosta solo al primo avvio e poi funziona bene, almeno qui.
Public Sub Button1_Click()
Dim hWindow As Window
hWindow = New Window(Me)
hWindow.Y = Me.Y
If Me.Visible = True Then Me.Visible = False
Wait 1
Me.Y = hWindow.Y
Me.Visible = True
End