non per scoraggiarti ma esiste già un comando da terminale per fare il merge di + pdf, io lo usato in terminalix , se vuoi guardati i sorgenti, la cosa interessante di questo programma è che utilizza il drag e drop per selezionare i file da unire.
per il tuo programma dovresti usare un fileschooser invece di un dirschooser e poi impostargli in multi la proprietà selection (vado a memoria :) )